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1、周文琦 中南大學(xué)醫(yī)藥信息系 2012.10.17 英文醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫檢索 2 主要內(nèi)容 重要外文檢索系統(tǒng)及其獲取 Pubmed文獻(xiàn)檢索系統(tǒng) Elsevier: ScienceDirect 引文檢索 一、 重要外文檢索系統(tǒng)及獲取 5 外文文摘數(shù)據(jù)庫 MEDLINE/Pubmed、 EMBASE、 SciFinder Scholar、 BioSIS Previews、 Engineering Village、 Dialog 外文全文數(shù)據(jù)庫 OVID Full Text、 EBSCOhost、 Elsevier:Sciencedirect 、 SpringLink、 ProQues Medical Li
2、brary、 Kluwer Online Journals、 OCLC FirstSearch 外文檢索系統(tǒng) 6 中南大學(xué)醫(yī)學(xué)圖書館外文數(shù)據(jù)庫資源 7 中南大學(xué)校本部圖書館外文數(shù)據(jù)庫（部分） 8 公共網(wǎng)可獲取外文文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫 1. Pubmed文獻(xiàn)檢索系統(tǒng) www.pubmed.gov (文摘，部分全文） 2. Google學(xué)術(shù)論文檢索： (文摘，中 外文，部分全文） 3. Scirus科學(xué)搜索引擎 (文摘） 引文檢索 二、 Pubmed文獻(xiàn)檢索系統(tǒng) PubMed概述 1 PubMed的基本檢索 2 PubMed的限定檢索 3 PubMed的高級檢索 4 PubMed的主題詞檢索 5 PubM
3、ed的個性化檢索 6 如何查到自己滿意的文獻(xiàn) 7 1.PubMed概述 什么是 PubMed？ PubMed的收錄范圍 PubMed的記錄來源 PubMed的常用字段 PubMed的界面結(jié)構(gòu) 12 什么是 PubMed? www.pubmed.gov PubMed的收錄范圍 MEDLINE收錄全世界 80多個國家 5200多種生物醫(yī)學(xué) 期刊的文摘及題錄數(shù)據(jù) 。 部分文獻(xiàn)可直接獲取全文，包括： PubMed Central (PMC，收錄期刊 780余種 )： NLM 開發(fā)的免費(fèi)生物醫(yī)學(xué)數(shù)字化期刊全文數(shù)據(jù)庫 開放獲?。?Open Access， OA）期刊 部分出版商提供的免費(fèi)文獻(xiàn) 與出版商的電
4、子期刊文獻(xiàn)同步發(fā)布，標(biāo)注為 Epub ahead of print（先于印刷版期刊發(fā)表的電子文獻(xiàn)） 或 Epub PubMed的記錄來源 Medline： PubMed主體部分 。 PubMed-indexed for MEDLINE Publisher supplied citations： 出版商通過電子方式提交的且還沒有 進(jìn)入到 In-process階段的最新醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)； 2003年底之前進(jìn)入 PubMed但沒有被 Medline收錄的期刊文獻(xiàn)或該篇文獻(xiàn)出版之后其 期刊才被 Medline收錄。 PubMed-as supplied by publisher In-process cita
5、tions： 尚未進(jìn)行 MeSH主題詞標(biāo)引的最新文獻(xiàn) ； PubMed-in Process PubMed： 受 NIH資助項(xiàng)目的作者因遵循“ NIH Public Access”向 PMC提交的論文手稿；其所在期刊未被 MEDLINE收錄，但出版商 因該文獻(xiàn)需遵循“ NIH Public Access”而提交給 PMC的文獻(xiàn)；選擇 性收錄非 MEDLINE收錄的文獻(xiàn)。 PubMed OLDMEDLINE：部分 1966年以前出版且未被 MEDLINE收錄的文獻(xiàn) 。 PubMed-OLDMEDLINE 記錄標(biāo)識（ 1） PubMed indexed for Medline PubMed - i
6、n process PubMed - as supplied by publisher 記錄標(biāo)識（ 2） PubMed - OLDMEDLINE PubMed PubMed記錄的主要字段 字段標(biāo)識：字段名稱 AB： Abstract AD： Affiliation ALL： All Field AU： Authors 1AU： First Author FAU： Full Author Name LASTAU： Last Author PMID： PubMed Unique Identifier CY： Country DP： Publication Date EDAT： Entrez Dat
7、e GS： Gene Symbol GN： Grant Number 字段標(biāo)識：字段名稱 IS： ISSN LA： Language MH： MeSH Terms MAJR： MeSH Major Topic SH： MeSH Subheadings PT： Publication Type SO： Source TA： Journal Title TI： Title TW： Text Words UID： Unique Identifiers NM： Substance Number TIAB： Title/Abstract PubMed界面的結(jié)構(gòu) 高級檢索 基本檢索 20 2.PubMed
8、的基本檢索 自動詞語匹配功能 :智能檢索 強(qiáng)制檢索 使用 “ ” - 截詞檢索 使用 * 字段限定檢索 主題檢索 作者檢索 期刊檢索 布爾邏輯檢索 檢 索 詞 Mesh轉(zhuǎn)換 表 期刊名 轉(zhuǎn)換 表 作者索引表 經(jīng)過轉(zhuǎn)換 后的 檢 索式 Pubmed系 統(tǒng) 進(jìn) 行 檢 索 Details分析 21 作者姓名 轉(zhuǎn)換 表 PubMed的基本檢索之一 自動詞語匹配功能 自動詞語匹配應(yīng)用 例 1 檢索“肝纖維化與 P53基因關(guān)系的文獻(xiàn)” 分析相關(guān)概念：肝纖維 p53基因 確定英文關(guān)鍵詞： 肝纖維化 liver fibrosis P53基因 p53 gene Step1: 輸入提問式 Step2:獲取檢索結(jié)
9、果 解讀檢索式 (liver cirrhosisMeSH Terms OR (liverAll Fields AND cirrhosisAll Fields) OR liver cirrhosisAll Fields OR (liverAll Fields AND fibrosisAll Fields) OR liver fibrosisAll Fields) AND (genes, p53MeSH Terms OR (genesAll Fields AND p53All Fields) OR p53 genesAll Fields OR (p53All Fields AND geneAll
10、Fields) OR p53 geneAll Fields) 26 細(xì)化檢索式 (liver cirrhosisMeSH Terms) AND (genes, p53MeSH Terms) 調(diào)整后重新檢索 28 檢索結(jié)果顯示 PubMed檢索結(jié)果顯示默認(rèn)為 Summary格式。 題名 作者 出處 相關(guān)文獻(xiàn) 鏈接 相關(guān)文獻(xiàn)鏈接 按相關(guān)性排序 檢索結(jié)果顯示格式轉(zhuǎn)換 檢索結(jié)果保存及輸出 自動詞語匹配應(yīng)用 例 2 35 Q： 如何查找“治療鼻咽癌的新突破” 網(wǎng)頁文章的原始文獻(xiàn)來源？ Yi-xin zeng chromosome 4 zeng yxAuthor AND (chromosomes, hum
11、an, pair 4MeSH Terms OR chromosome 4All Fields) 來源 題名 作者 作者單位 獲取全文 40 Search Details框詳細(xì)顯示自動詞語匹配的 實(shí)際檢索式。 有較好的查全率，同時保證一定的查準(zhǔn)率。 下列情形不進(jìn)行自動詞語匹配 截詞檢索 ,如 bacter* 短語檢索 ,如“ kidney allograft” 破折號時 ,如 kidney-allograft History檢索 ,如 #1 AND # 字段檢索 ,如 toothacheti 問題？ Q： 是否可以完全依賴詞語的自動詞語匹配功能？ 例如：單細(xì)胞 Single cell 41 自動
12、詞語匹配 42 強(qiáng)制檢索 檢索詞加上 “ ”, -進(jìn)行強(qiáng)制檢索 系統(tǒng)不進(jìn)行自動詞語匹配，不擴(kuò)展檢索 single cell 直接輸入 “single cell“ 或者 single-cell 43 PubMed的基本檢索之二 強(qiáng)制檢索 44 PubMed的基本檢索之三 截詞檢索 可利用系統(tǒng)的截詞功能獲取更多的相關(guān)文 獻(xiàn) ， 提高查全率：截詞符 “ *” 可代表多個字符 ， 將 *加在檢索詞后可以表示對所有以該詞開頭的 詞進(jìn)行檢索；如： bacter*， 可以檢出 bacteria, bacteremia, bacteriophage等詞 。 截詞檢索時 ， 系統(tǒng)會關(guān)閉自動詞語匹配功能 。 45
13、 PubMed的基本檢索之三： 截詞檢索 PubMed的基本檢索之四 字段限定檢索 PubMed字段限定檢索的格式是： 檢索詞 字段標(biāo)識符 。 字段限定檢索可提高查準(zhǔn) 率 。 如： aspirinti ； brain stem infarctions/drug therapymajr； neoplasms mh:noexp ； Clin Infect Dista； smith abau； zhongshan hospitalad； 2008:2010 dp 。 作者檢索 在檢索框中輸入著者姓名， PubMed自動執(zhí)行著者檢索。 例如， 檢索 Bonnie W. Ramsey撰寫的有關(guān)“囊性纖維
14、化 基因治療”的文獻(xiàn)，在輸入框中輸入： cystic fibrosis gene therapy ramsey bw 一般姓在前名在后，姓用全稱，名用首字母。 例如，輸入 Smith SR可檢索出姓為 Smith，名的首字母為 SR的所有著者的文獻(xiàn) 通過字段限定檢索及組合檢索可實(shí)現(xiàn)更精確的著者檢索。 例如，輸入 Smith SR 1AU可檢索出第一著者為 Smith SR 的所有文獻(xiàn)。 PubMed的基本檢索之五 48 為提高查準(zhǔn)率，可將著者與著者單位、主題等信息 結(jié)合起來檢索。 2002年起， Medline在同時采用結(jié)合縮寫與全稱兩種 方式來處理作者姓名，作者姓名縮寫放入 AU字段， 全稱
15、放入 FAU字段。 例如，輸入 Smith SR的姓名全稱 Steven R Smith，可檢索出 2002年以來該著者被 PubMed收錄的文獻(xiàn)。 西文檢索工具對中國人名的處理較混亂。如 Xia Jia- hui文獻(xiàn)可能被分散在“ Xia JH”及“ Xia J”下面，檢索 時需綜合考慮，盡可能查全。 也可利用高級檢索中的下拉式菜單選擇作者字段進(jìn) 行作者檢索。 如果想進(jìn)行更精確的檢索，可以用雙引號將作者名 引起來，再加 au，如“ smith j”au。 49 PubMed的基本檢索之五： 作者檢索 50 PubMed的基本檢索之五： 作者檢索 期刊檢索 在檢索框中輸入期刊信息， PubMe
16、d自動檢索出該期刊的文 獻(xiàn)： 刊名全稱：如 the American Journal of Pathology 標(biāo)準(zhǔn)的 Medline刊名縮寫：如 Am J Pathol 期刊的 ISSN號：如 0002-9440， Am J Pathol ISSN號 當(dāng)刊名與 MeSH詞相同時， PubMed默認(rèn)將其作為 MeSH詞檢 索。 例如 Gene Therapy、 Science、 Cell， 為避免誤檢，可 采用刊名字段限定檢索。 如 Cell transplantationTA可檢索出在期刊 Cell transplantation 被 PubMed收錄的所有文獻(xiàn) 利用 PubMed的 Jou
17、rnals Database可查找期刊的詳細(xì)信息 PubMed的基本檢索之六 52 PubMed的基本檢索之六： 期刊檢索 53 PubMed的基本檢索之六： 期刊檢索 54 PubMed的基本檢索之七 邏輯組配檢索 PubMed支持邏輯算符 AND、 OR、 NOT的組配檢索，邏 輯運(yùn)算符前后都要有一個空格。不輸入默認(rèn)為 AND，如 t regulatory cells systemic lupus erythematosus t regulatory cells and systemic lupus erythematosus 56 Find citations on DNA that w
18、ere authored by Dr. Crick in 1993 Find citations on the effects of heat or humidity on multiple sclerosis Find citations about arthritis excluding the Publication Type Letter dna mh AND crick au AND 1993 dp (heat OR humidity) AND multiple sclerosis arthritis NOT letter pt Pubmed對檢索式的運(yùn)算自左至右 common co
19、ld AND (vitamin c OR zinc) vitamin c OR zinc AND common cold 3.限定檢索 檢索舉例 :某兒科醫(yī)生欲了解 臨床核心期 刊中最近 5年關(guān)于兒童地中海貧血方面的隨 機(jī)對照臨床試驗(yàn)（ RCT） 文獻(xiàn)。 60 4.高級檢索 Search builder Search history 限定字段 檢索 瀏覽索引 選詞 檢索史（ Search History） 點(diǎn)擊 Search History，顯示檢索史，包括檢索式 序號、檢索提問式、檢索時間及檢索結(jié)果數(shù) 保存檢索策略， 檢索史最多保留 8小時 修改檢索策略 例：查找“泰素治療肺癌和肝癌”的文獻(xiàn)
20、 查看并利用已有的檢索策略進(jìn) 行檢索 67 5.使用主題詞檢索 PubMed MeSH Database MeSH主題詞檢索是 PubMed最具特色的檢索功能之 一，能保證較好的查全率和查準(zhǔn)率 主題詞對同一概念的不同表達(dá)方式進(jìn)行了規(guī)范 主題詞可以組配相應(yīng)的副主題詞，使檢索結(jié)果更加專指 主題詞的樹狀結(jié)構(gòu)表：系統(tǒng)默認(rèn)對含有下位概念的主題 詞進(jìn)行擴(kuò)展檢索（點(diǎn)選 Do Not Explode this term則不進(jìn)行 擴(kuò)檢） 應(yīng)用 Major Topic（主要主題詞）檢索，可以使檢索結(jié)果更 加準(zhǔn)確 注意：用 MeSH詞檢索時，只檢索來源于 MEDLILNE 的文獻(xiàn)，不檢索 PubMed其他來源的文獻(xiàn)
21、（包括 in- process， supplied by publisher, OLDMEDLINE等） 68 例 1：查找“泰素治療肝癌”方面的文獻(xiàn) 69 方法 一 點(diǎn)擊 MeSH Database，進(jìn)入主題詞檢索界面 在檢 索提問框內(nèi)輸入 liver cancer, 點(diǎn)擊 Search按鈕 71 返回相應(yīng)的主題詞選項(xiàng)。 反饋檢索結(jié)果。 找到了相匹配 的主題詞 該主題詞引入年代 選中 Liver Neoplasms，選擇邏輯符 AND，點(diǎn)擊 Add to search builder. 輸入第二個檢索詞 taxol，點(diǎn)擊 Search PubMed 選中 Paclitaxel，點(diǎn)擊 Add
22、to search builder，再點(diǎn)擊 Search PubMed. 系統(tǒng)返回檢索結(jié)果 思考：用基本檢索呢？ 檢索結(jié)果為什么會有區(qū)別呢？ 78 方法 二 ? 利用 History功能。 80 例 2：近 5年來有關(guān) “ 空氣污染與肺癌流 行病學(xué) ” 方面的文獻(xiàn) 。 81 點(diǎn)擊 MeSH Database，進(jìn)入主題詞檢索界面 在檢 索提問框內(nèi)輸入 air pollution, 點(diǎn)擊 Search按鈕 選中 air pollution,點(diǎn)擊 Add to search builder，選擇 AND 輸入第二個檢索詞 lung cancer，點(diǎn)擊 Search PubMed 返回相應(yīng)的主題詞選項(xiàng)
23、，點(diǎn)擊 Lung Neoplasms下 的超鏈 到達(dá) Lung Neoplasms的詳細(xì)信息頁面 詳細(xì)信息頁面 詳細(xì)信息頁面 選擇相應(yīng)的副主題詞 epidemiology，選擇邏輯 符 AND,點(diǎn)擊 Add to search builder，再點(diǎn)擊 Search PubMed 系統(tǒng)返回檢索結(jié)果 作時間限定后，系統(tǒng)返回 125條記錄 處于激活狀態(tài)的檢 索限定 92 通過 MeSH Database檢索，要注意以下幾點(diǎn)： 當(dāng)一個課題含有多個主題詞時，在 MeSH Database中的操作 往往需要重復(fù)多次。根據(jù)需要來選擇正確的邏輯符，以便與下 一次的主題詞進(jìn)行相應(yīng)的邏輯關(guān)系組配。也可以先用一個一
24、個 主題詞單獨(dú)檢索，然后進(jìn)入 History，利用檢索式序號對多個 主題詞進(jìn)行邏輯組配； 進(jìn)入到主題詞細(xì)節(jié)頁面時，要多注意主題詞的上位詞和下位 詞情況，看看是否有更加合適的主題詞； 同時選多個副主題時，其間的邏輯關(guān)系是 OR； 系統(tǒng)默認(rèn)對下位主題詞進(jìn)行擴(kuò)檢，若不需要進(jìn)行下位詞擴(kuò)檢， 選 Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy； 通過 MeSH Database檢索，查不到 PreMedline和 OldMedline 中的記錄。 6. PubMed個性化檢索 Journals in NCBI d
25、atabase：期刊檢索 Single Citation Matcher：查找某篇文獻(xiàn)準(zhǔn)確信息 Batch Citation Matcher：批量核對文獻(xiàn)信息 Clinical Queries：專供查找臨床信息 Topic-Specific Queries：供查找專題文獻(xiàn)信息 (1)Journals in NCBI database 例：查看 JAMA的信息并檢索 JAMA中發(fā)表的論文情況。 97 獲取 JAMA相關(guān)信息 98 檢索 JAMA期刊上的文獻(xiàn) 99 How do I find a specific citation? I have some information such as
26、the author, journal name and the year the article was published. 舉例 查找夏家輝教授發(fā)表在“ Nat Genet， 1998； 20（ 4）： 370-3”的關(guān)于神經(jīng)性耳聾基因的論文及 相關(guān)信息 （ 2） Single Citation Matcher 輸入已知條件 顯示結(jié)果 104 （ 3） Batch Citation Matcher 105 （ 4） Clinical Queries臨床文獻(xiàn)查詢 臨床詢問和系統(tǒng)綜述。點(diǎn)擊“ Clinical Queries” 進(jìn)入。 是一個專門為臨床醫(yī)生和臨床試驗(yàn)工作者設(shè)計(jì)的 檢索服務(wù) ，
27、 按臨床問題分類檢索 。 有以下三個方面 的檢索： 106 Search by Clinical Study Category： 供查詢疾病的 therapy(治療 )、 diagnosis(診斷 )、 etiology(病因 )、 prognosis (預(yù)后 )和 clinical prediction guides （臨床預(yù)報指南） 五個方面的文獻(xiàn)。選項(xiàng) “ broad, sensitive search” 和 “ narrow, specific search”稱為檢索過 濾器 (Search Filter)， 用來表示傾向查全還是查準(zhǔn)。 Systematic Reviews： 供檢索疾
28、病的 systematic reviews(系統(tǒng)評論 )、 meta- analysis（ meta分析） , reviews of clinical trials（臨床 試驗(yàn)評論） , evidence-based medicine（循證醫(yī)學(xué)）等方面的 文獻(xiàn)。 Medical Genetics Searches： 供檢索醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)方面的文獻(xiàn)。 107 110 （ 5） Topic-Specific Queries 特定主題查詢：是針對不同的用戶、不同的學(xué) 科專題以及不同類型的期刊而設(shè)立的專項(xiàng)信息 的檢索服務(wù)。例如特設(shè)了 AIDS（艾滋病）、 Bioethics（生物倫理）、 Cancer（癌
29、癥）、 Complementary Medicine（替代醫(yī)學(xué)）、 health literacy（健康素養(yǎng)）等專題檢索。 111 臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)庫（ Clinical Trials） 點(diǎn)擊 PubMed主頁 More Resources欄目下的 Clinical Trials，進(jìn)入美國國立醫(yī)學(xué)圖書館研制開發(fā)的臨 床試驗(yàn)數(shù)據(jù)庫 。 http:/clinicaltrials.gov/ Clinical Trials收錄了美國及全世界 180多個國家 經(jīng)注冊登記的 134， 112個臨床試驗(yàn)的詳細(xì)信息 ， 是十分重要的循證醫(yī)學(xué)信息資源 。 （ 2012.10.16 12： 28） 外部鏈接（ Lin
30、kOut） PubMed主頁 More Resources欄目下有 LinkOut外部 鏈接 PubMed及 NCBI的其他數(shù)據(jù)庫通過 LinkOut與其他 外部資源與服務(wù)建立鏈接，包括在線全文數(shù)據(jù) 庫、生物學(xué)數(shù)據(jù)庫、圖書館館藏信息、消費(fèi)者 健康信息、研究工具等 。 如何一次檢索多個數(shù)據(jù)庫？ 選擇： all databases 統(tǒng)一檢索界面 醫(yī)學(xué)圖書館： pubmed 校園網(wǎng) PubMed鏈接 1檢索結(jié)果 校園網(wǎng) PubMed鏈接 2檢索結(jié)果 7.如何查到自己滿意的文獻(xiàn) 分析課題，選擇最準(zhǔn)確的提問詞 選擇最合適的檢索功能 充分利用超鏈接功能獲取豐富資源： Related Article、 Li
31、nkout、 Links 結(jié)果不理想時的調(diào)整方法 選擇最合適的檢索功能 課題 1：查找苯丙酮尿（ phenylketonuria， PKU) 最近五年的英文研究資料，要全文 課題 2：瘋牛病的流行病學(xué)研究 Mesh Database 課題 3：皮質(zhì)類固醇 （ corticosteroids） 治療早產(chǎn) 兒 （ Infant, premature） 的系統(tǒng)評價 Clinical Queries 如何利用 PubMed擴(kuò)大檢索 自動詞語轉(zhuǎn)換 截詞檢索 增加 OR組配面以增加相關(guān)詞 減少 AND組配面 擴(kuò)展檢索 Related Articles 如何利用 PubMed縮小檢索 字段限定檢索 主題詞檢
32、索及組配特定副主題詞檢索 加權(quán)檢索 增加 AND組配面，減少 OR組配面 自由詞檢索加引號 用 NOT排除次要概念 PubMed的自動詞語匹配檢索一般適合檢索經(jīng)驗(yàn)有限的初級用戶， 也適合對課題做初步檢索。檢索經(jīng)驗(yàn)豐富的用戶，或者對查全率查 準(zhǔn)率有較高要求的檢索課題，需要仔細(xì)分析課題，編制比較完備的 檢索策略，綜合運(yùn)用 PubMed提供的各種高級檢索功能 主題詞檢索是 PubMed最具特色的功能之一，能保證較好的查準(zhǔn)率 及查準(zhǔn)率。主題詞組配副主題詞使檢索結(jié)果更為專指，限定在主要 主題詞檢索能使結(jié)果更準(zhǔn)確。但是主題詞檢索也有一些固有的缺陷 ，比如很多專指的概念沒有相應(yīng)的主題詞，一些新出現(xiàn)的概念要幾 年后才收錄為主題詞。這種情況下，采用字段限定檢索等方法也能 得到較好的查準(zhǔn)率。此外，主題詞檢索還可能會漏掉一些最新的文 獻(xiàn)（ in process citations） 熟練運(yùn)用 PubMed 的檢索限定、臨床查詢、引文匹配等工具，能大 大提高檢索效率。 小結(jié)
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