《實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式.ppt》由會員分享，可在線閱讀，更多相關(guān)《實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式.ppt（32頁珍藏版）》請?jiān)谘b配圖網(wǎng)上搜索。
1、生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)課件,邢晉祎 生命科學(xué)學(xué)院 Copyright,實(shí)驗(yàn)二 常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式,實(shí)驗(yàn)?zāi)康?1. 了解ncbi所提供的在線entrez檢索方法。 2.了解EBI所提供的SRS檢索方法。 3.熟悉查詢swiss-prot蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫的查詢。 4.詳細(xì)了解三大核酸序列數(shù)據(jù)庫之一的GenBank數(shù)據(jù)庫平面文件Flat file。 5.詳細(xì)了解蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫PDB數(shù)據(jù)庫中的pdb文件。,實(shí)驗(yàn)材料,計(jì)算機(jī)，網(wǎng)絡(luò)。,實(shí)驗(yàn)過程,1. Entrez檢索方法 NCBI All database Entrez 查詢某一關(guān)鍵詞（eg. Helicase，insulin，topois
2、omerase，gyrase，hemoglobin。） 依次點(diǎn)擊各個(gè)數(shù)據(jù)庫查看,,,,,,實(shí)驗(yàn)過程,,,,,GenPept文件下載,平面文件獲得 查詢某一條核酸序列 獲得平面文件 保存或者下載 用寫字板（記事本）打開,實(shí)驗(yàn)過程,2. SRS檢索方法。 EBI SRSEBI choice database 查詢某一關(guān)鍵詞（eg. Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）,,,,,實(shí)驗(yàn)過程,3. Swiss-prot查詢方法。 Swiss-prot SRSEBI choice database 查詢某一關(guān)鍵詞（eg. Helicase，i
3、nsulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin）。,,,,,,,,,4.GenBank flatfile（GBFF）內(nèi)容。 是GenBank數(shù)據(jù)庫的基本信息單位，也是最廣泛地用以表示生物序列的格式之一。 GenPept文件 GBFF可以分成三個(gè)部分，頭部包含關(guān)于整個(gè)記錄的信息（描述符）。 第二部分包含了注釋這一記錄的特性， 第三部分是核苷酸序列自身。 所有的核苷酸數(shù)據(jù)庫記錄（DDBJ/ EMBL/ GenBank）都在最后一行以 // 結(jié)尾。,,,,,實(shí)驗(yàn)過程,5. PDB 文件的獲得 進(jìn)入PDB數(shù)據(jù)庫 查詢某蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)（eg：1d3y） 下載結(jié)構(gòu)到本地電腦 用寫字板（記事本）打開,,,源自PDB結(jié)構(gòu)記錄的內(nèi)容,PDB記錄包括兩個(gè)序列信息備份：隱性序列和顯性序列。 顯性序列在PDB文件中以關(guān)鍵詞SEQRES打頭逐行存儲。 隱性序列蘊(yùn)涵在由PDB文件中的ATOM記錄及相應(yīng)（X，Y，Z）位置坐標(biāo)構(gòu)成的化學(xué)立體結(jié)構(gòu)中。 實(shí)踐中，許多PDB文件瀏覽器，如Rasmol，僅用隱性序列重構(gòu)PDB記錄蛋白質(zhì)的化學(xué)圖象，而忽略由SEQRES引導(dǎo)的顯性序列信息。,文件頭部,,顯性序列,,,,隱性序列,,作業(yè)：格式同實(shí)驗(yàn)一,1.寫出Genbank flatfile的詳細(xì)結(jié)構(gòu)組成。 2.寫出PDB文件的詳細(xì)組成。,
實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫檢索方法及數(shù)據(jù)格式.ppt
